A1.1.1 Végétation halophile pionnière des sables d'estran très mobiles à Ipomoea pes-caprae subsp. brasiliensis et Canavalia rosea
A1.1.2 Végétation halophile de haut d'estran sableux subfixés à Ipomoea pes-caprae subsp. brasiliensis et Sporobolus virginicus
A1.1.3 Végétation halophile de haut d'estran sablo-graveleux subfixés à Trianthema portulacastrum et Ipomoea pes-caprae subsp. brasiliensis
A1.1.4 Végétation halophile des sables de haut d'estran stabilisés à Cassytha filiformis et Ipomoea pes-caprae subsp. brasiliensis
A1.1.5 Pelouse dunaire subhalophile à Pedalia murex et Tephrosia pumila subsp. ciliata
A1.1.6 Ourlet subhalophile héliophile de haut de plage de sable à Asystasia gr. gangetica et Dactyloctenium ctenioides
A1.1.7 Ourlet subhalophile hémi-sciaphile de haut de plage de sable à Dioscorea cf. comoriensis et Hibiscus physaloides
A1.1.8 Friche dunaire subhalophile à Indigofera tinctoria
A1.2 Végétations arbustives
A1.2.1 Taillis supralittoraux frais à Hibiscus tiliaceus et Thespesia populnea
A1.2.2 Taillis supralittoral sec de haut de plage à Cordia subcordata et Thespesia populnea
A1.3 Végétations arborées
A1.2.1 Forêt supralittorale de haut de plage à Hernandia nymphaeifolia et Calophyllum inophyllum
A2. Plages de galets
A2.1 Végétations herbacées
A2.1.1 Pré salé médiolittoral sur galets à Sporobolus virginicus
A2.1.2 Pré salé supralittoral de haut d'estran sur galets à Sporobolus virginicus
A2.1.3 Pelouse subhalophile supralittorale sur galets à Sporobolus virginicus
A2.1.4 Pelouse supralittorale à Portulaca quadrifida sur galets encroûtés
A2.1.5 Ourlet supralittoral subhalophile sur galets sableux à Sanseviera canaliculata
A2.2 Végétations arbustives
A2.2.1 Taillis supralittoral de haut de plage à galets à Colubrina asiatica, Cordia subcordta, Dendrolobium umbellatum, Thepseia populnea, Xylocarpus moluccensis
A3. Falaises et côtes rocheuses basaltiques
A3.1 Végétations herbacées
A3.1.1 Cypéraie subhalophile pionnière à Mariscus ligularis
A3.1.2 Ourlet supralittoral subhalophile sur basaltes à Asystasia gr. gangetica et Achyranthes aspera
A3.2 Végétations arbustives
A3.2.1 Fourré subhalophile sur basaltes à Guettardia speciosa
A4. Falaises et côtes rocheuses cinéritiques
A4.1 Végétations herbacées
A4.1.1 Pelouse halophile pionnière sur cinérites à Fimbristylis gr. cymosa et Tephrosia purpurea subsp. dunensis
A4.1.2 Savane supralittorale subhalophile sèche à Heteropogon contortus
A4.1.3 Corniche rocheuse à Tephrosia purpurea subsp. dunensis et Enteropogon sechellensis
A4.1.4 Ourlet rupicole frais à Plectranthus sp.
A4.2 Végétations arbustives
A4.2.1 Fourré aérohalin pionnier à Scaevola taccada
A4.2.2 Fourré subhalophile à Dracaena sp. et Guettardia speciosa
A5. Platiers supralittoraux de beach-rocks
A5.1 Végétations herbacées
A5.1.1 Pré salé supralittoral sur beach-rock à Sporobolus virginicus
A5.2 Végétations arbustives
A5.2.1 Fourré supralittoral sur beach-rock à Pemphis acidula
A5.3 Végétations arborées
A5.3.1 Taillis supralittoral de beach-rock à Cordia subcordata et Thespesia populnea
A6. Mangroves médiolittorales sur fond rocheux
A6.1 Végétations arborées
A6.1.1 Mangrove perhaline de front de mer sur fond rocheux à Sonneratia alba
A6.1.2 Mangrove mésohaline sur fond rocheux à Rhizophora mucronata et Bruguiera gymnorhiza
A7. Mangroves médiolittorales externes sur vases
A7.1 Végétations arborées
A7.1.1 Mangrove externe perhaline sur vases à Sonneratia alba
A8. Mangroves médiolittorales centrales sur vases
A8.1 Végétations arbustives
A8.1.1 Mangrove centrale mésohaline basse à Ceriops tagal
A8.2 Végétations arborées
A8.2.1 Mangrove centrale mésohaline haute à Rhizophora mucronata et Bruguiera gymnorhiza
A9. Mangroves médiolittorales internes sur vases
A9.1 Végétations arbustives
A9.1.1 Mangrove interne oligohaline à Lumnitzera racemosa
A9.1.2 Mangrove interne estuarienne oligohaline à Avicennia marina et Lumnitzera racemosa
A9.1.3 Mangrove interne perhaline à Avicennia marina
A9.2.1 Mangrove interne oligohaline à Bruguiera gymnorhiza, Rhizophora mucronata et Xylocarpus granatum
A9.2.2 Ripisylve mangrovienne à Avicennia marina et Xylocarpus granatum
A9.2 Végétations arborées
A10. Tannes et mangroves supralittorales sur vases salées
A10.1 Végétations arbustives
A10.1.1 Tanne à Avicennia marina épars
A10.1.2 Mangrove supralittorale à Avicennia marina
A11. Forêts supralittorales inondables sur vases
A11.1 Végétations arborées
A11.1.1 Forêt supralittorale inondable de bas niveau à Heritiera littoralis et Avicennia marina
A11.1.2 Forêt supralittorale inondable de haut niveau à Heritiera littoralis et Hibiscus tiliaceus
A12. Prés salés et marais saumâtres
A12.1 Végétations herbacées
A12.1.1 Pré salé médiolittoral inférieur à Sporobolus virginicus
A12.1.2 Pré saumâtre médiolittoral supérieur à Sporobolus virginicus et Marsilea cf. minuta
A12.1.3 Pré salé médiolittoral sur vasières de beach-rock à Fimbristylis polytrichoides et Sporobolus virginicus
A12.1.4 Pré saumâtre supralittoral inondé à Marsilea sp.minuta et Ipomoea aquatica
A12.1.5 Mégaphorbiaie saumâtre d'arrière-mangrove à Acrostichum aureum
A12.1.6 Roselière saumâtre lagunaire inondée à Schoenoplectus scirpoideus
A12.1.7 Rive lagunaire inondable à Ipomoea pes-caprae subsp. brasiliensis
A12.1.8 Pré salé lagunaire à Sporobolus virginicus
A12.1.9 Pré salé à Scroparia dulcis
A12.2 Végétations arbustives
A12.2.1 Fourré saumâtre lagunaire à Colubrina asisatica
B. Habitats des zones humides intérieures (azonal)
B1. Eaux douces stagnantes de basse et moyenne altitude (lacs et mares)
B1.1 Végétations aquatiques flottant librement
B1.1.1 Voile aquatique flottant librement à Lemna aequinoctialis et Pistia stratiotes
B1.2 Végétations aquatiques enracinées
B1.2.1 Herbier aquatique enraciné stagnophile à Nymphaea nouchali var. caerulea
B1.3 Parvo-roselières
B1.3.1 Parvo-roselière à Persicaria senegalense
B1.3.2 Parvo-roselière à Ludwigia abyssinica et Struchium sparganophorum
B1.4 Végétations amphibies pionnières annuelles
B1.4.1 Gazon amphibie pionnier de bas niveau à Leersia perrieri
B1.4.2 Pré amphibie pionnier de haut niveau à Lindernia rotundifolia et Leersia perrieri
B1.5 Végétations amphibies vivaces
B1.5.1 Prairie semi-aquatique vivace à Marsilea cf. minuta et Echinochloa colona
B2. Eaux courantes de basse et moyenne altitude
B2.1 Végétations aquatiques enracinées rhéophiles
B2.1.1 Herbier aquatique enraciné rhéophile à Potamogeton nodosus
B3. Marais et prairies humides de basse et moyenne altitude
B3.1 Roselières
B3.1.1 Roselière à Cyclosorus interruptus et Typhonodorum lindleyanum
B3.1.2 Roselière subsaumâtre fragmentaire à Typha domingensis
B3.2 Magnocypéraies
B3.2.1 Magnocypéraies inondable à Kyllinga elata et Commelina diffusa
B3.3 Mégaphorbiaies
B3.3.1 Mégaphorbiaies à Cyclosorus interruptus
B4. Forêts des sols hydromorphes
B4.1 Forêts galeries des ripisylves
B4.1.1 Ripisylves du cours inférieur des rivières permanentes à Barringtonia asiatica
B4.1.2 Ripisylve à Raphia farinifera
B4.1.3 Ripisylves de basse altitude à Phoenix reclinata
B4.1.4 Ripisylves de moyenne altitude à Barringtonia asiatica
B4.1.6 Forêt galerie adlittorale à Cycas thouarsii, Calophyllum inophyllum et Mimusops coriacea
B4.2 Forêts marécageuses
B4.2.1 Forêt marécageuse à Raphia farinifera
B4.3 Forêts alluviales à Erythrina fusca
B4.3.1 Érythrinaie sublittorale à Erythrina fusca et Phoenix reclinata
B4.3.2 Érythrinaie adlittorale à Erythrina fusca
B4.3.3 Érythrinaie intérieure à Raphia farinifera et Erythrina fusca
C. Habitats de zone subhumide
C1. Falaises, rochers et éboulis de basse altitude
C1.1 Végétations herbacées
C1.1.1 Paroi ensoleillée phonolitique à Enteropogon sechellensis
C1.1.2 Paroi semi-héliophile et rocher semi-ombragé à Rhipsalis baccifera
C1.1.3 Rocher semi-sec primaire à Angraecum eburneum et Angraecum leonis
C1.1.4 Rocher semi-sec secondaire à Plectranthus sp.
C1.2 Végétations arbustives
C1.2.1 Fourré rupicole héliophile pionnier à Euphorbia tirucalli
C1.2.2 Fourré des corniches rocheuses phonolitiques à Erythroxylum platycladum et Euphorbia tirucalli
C1.3 Végétations arborées
C1.3.1 Forêt sèche d'éboulis grossiers à Poupartia gummifera et Commiphora arafy
C1.3.2 Forêt sèche de pente sur éboulis stabilisés à Droceloncia rigidifolia et Commiphora arafy
C2. Herbes et brousailles xérophiles à semi-xérophiles
C2.1 Végétations herbacées
C2.1.1 Pelouse semi-xérophile à Fimbristylis ovata et Heteropogon contortus
C2.1.2 Pelouse pionnière sur cinérites à Bulbostylis sp.
C2.1.3 Savane rocheuse sur basanites à Heteropogon contortus
C2.1.4 Savane pionnière subprimaire sur cinérites à Fimbristylis gr. cymosa et Heteropogon contortus
C2.1.5 Fougeraie semi-xérophile à Dicranopteris linearis
C2.2 Végétations arbustives
C2.2.1 Fourré sec à Carpodiptera africana et Phyllarthron comorense
C2.2.2 Fourré sec adlittoral à Margaritaria sp. nov. et Erythroxylum platycladum
C3. Forêts caducifoliées sèches à semi-sèches des terasses et pentes douces
C3.1 Végétations arborées
C3.1.1 Forêt caducifoliée sèche à Adansonia digitata et Mimusops comorensis
C3.1.2 Forêt caducifoliée sèche à Poupartia gummifera et Commiphora arafy
D. Habitats de zone mésohumide
D1. Herbes et brousailles mésophiles
D1.1 Végétations herbacées
D1.1.1 Fougeraie mésophile à Dicranopteris linearis
D1.2 Végétations arbustives
D1.2.1 Fourré adlittoral mésophile à Pandanus associatus
D2. Forêt sempervirentes mésophiles
D2.1 Végétations arborées
D2.1.1 Forêt mésophile au vent à Mimusops comorensis et Olea capensis
D2.1.2 Forêt mésophile au vent à Chrysophyllum boivinianum et Filicium decipiens
D2.1.3 Forêt mésophile au vent Ocotea comoriensis
D2.1.4 Forêt mésophile sous le vent à Sterculia madagascariensis et Scolopia maoulidae
D2.1.5 Forêt mésophile sous le vent à Nesogordonia suzannae
E. Habitats de zone humide
E1. Falaises et rochers de moyenne altitude
E1.1 Végétations herbacées
E1.1.1 Rocher hygrophile à mésohygrophile ombragé à Phymatosorus scolopendria et Procris insularis
E1.1.2 Rocher hygrophile ombragé à Microsorum punctatum
E2. Herbes et brousailles hygrophiles d'altitude
E2.1 Végétations herbacées
E2.1.1 Fougeraie hygrophile à Lycopodiella cernua et Dicranopteris linearis
E2.1.2 Ourlet intraforestier à Selaginella fissidentoides var. amphirrhizos
E2.2 Végétations arbustives
E2.2.1 Fourré bas à Dicranopteris linearis
E3. Végétations hygrophiles sempervirentes de moyenne altitude
E3.1 Végétations herbacées
E3.1.1 Fougeraie à Christella dentata
E3.1.2 Fougeraie à Nephrolepis undulata et Phymatosorus scolopendria
E3.1.3 Fougeraie à Diplazium arborescens et Marattia fraxinea